โองาตะเกิดเมื่อวันที่ 13 สิงหาคม ค. ศ. 1810 ในครอบครัวซามูไรระดับล่างของแคว้นศักดินาอาชิโมริในจังหวัดบิตชู ซึ่งปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของเมืองโอกายามะ เขาย้ายไปโอซากะในปี ค.ศ. 1825 กับบิดาของเขา และเริ่มศึกษาในรังงากุและการแพทย์ที่โรงเรียนเอกชนที่ดำเนินการโดยนากะ เท็นยูตั้งแต่ปี ค.ศ. 1826 ในปี ค.ศ. 1831 เขาย้ายไปเอโดะเพื่อศึกษาต่อด้านการแพทย์ตะวันตก และไปนางาซากิในปี ค.ศ. 1835 เพื่อศึกษากับแพทย์ชาวดัตช์ชื่อ เออร์เดวิน โยฮันเนส นีมันน์ แม้ว่ารัฐบาลโชกุนโทกูงาวะจะมีนโยบายซาโกกุหรือปิดประเทศอย่างเข้มงวดก็ตาม[1]

ในปี ค.ศ. 1838 โองาตะกลับไปโอซากะเพื่อก่อตั้งสถานพยาบาลของตัวเอง และในปีเดียวกันก็ได้ก่อตั้งเทกิจูกุ ซึ่งเป็นสถาบันการศึกษาแบบรังงากุ ที่ซึ่งเขาสอนการแพทย์ ประวัติศาสตร์ธรรมชาติ เคมี และฟิสิกส์เป็นเวลา 24 ปี[2]